原《企业职工奖惩条例》第十一条、十二条规定了可对员工进行罚款。但该条已于2008年1月15日被废止，因此，现在的单位对员工进行罚款是没有法律依据的，单位没有罚款权。
对于短时间的迟到早退，单位规定迟到一次象征性地扣1个小时的工资，或者扣10元、20元“小惩大戒”，一般认为具有合理性；
对于较长时间的迟到早退，单位可以扣除相应时间的工资，但员工仍可依法享有剩余正常工作的劳动报酬；2员工因重大过失，给用人单位造成损失
2.员工因重大过失，给用人单位造成损失
根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付”；
应用此法条的前提一定是给用人单位实际造成了经济损失。比如常年坐办公室的劳动者，迟到十几分钟内一般不会对公司业务造成明显的影响。但比如流水线上的员工迟到，就可能造成生产线无法正常运转，进而对生产经营造成严重影响，此情况下则允许用人单位规定惩罚性的措施，比如扣多少工资。但应当注意，要适度惩罚，尽量与员工造成的损失程度相匹配。而且还要注意不要超过员工本人月工资的20%；
3其他常见合法扣款
用人单位代扣代缴的个人所得税；
用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
员工请事假，用人单位扣除事假期间对应的工资；
首先，单位的规章制度中设置的处罚的条款本身要合法：不能与法律相违背，并且需要经过民主制定程序、公示程序；
其次，单位的处罚还要具有合理性，对违纪严重程度、违纪次数与处罚结果的对应要具有合理性；
最后，处罚条款应避免过于苛刻，对违纪严重程度不同，相应处罚条款应当区别对待，同时对于同一违纪行为不能做出多次处罚；
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